В районе курорта Анапа развиты разнообразные минеральные воды. Практический интерес представляют месторождения минеральных вод лечебно-питьевого профиля — Анапское, Семигорское и Раевское, Минеральные воды Анапского месторождения являются маломинерализованными хлоридно-сульфатными натриевыми без специфических микрокомпонентов. Своеобразны воды Семигорского месторождения, характеризующиеся очень высоким содержанием ортоборной кислоты и повышенным содержанием йода. По составу они хлоридно-гидрокарбонатные натриевые с минерализацией 10,3 г/дм3. Минеральные воды Раевского месторождения также содержат бор и йод, но в значительно меньших количествах. Минеральные воды указанных месторождений используют на курорте для питьевого лечения.
Лечебные грязи Анапы морского (лиманного) происхождения представлены тремя месторождениями — Кизилташским и Витазевским лиманами и озером Соленым. Во всех месторождениях грязь иловая среднесульфидная различной минерализации — от 15-25 г/дм3 — в Кизилташском лимане, до 250 г/дм3 — в озере Соленом. Запасы грязей превышают 2 млн м3. В настоящее время разрабатывается Кизилташский лиман, остальные месторождения резервные.
